Lamentablemente, el tiempo anterior al dominio árabe no está documentado. Entonces no sabemos si ya existía un asentamiento en ese momento. Por tanto, se supone que Moclinejo es una fundación árabe. El nombre y la ubicación asi lo sugieren. Si bien el significado de Moclinejo no está claro, podría provenir de moclin. Es posible que la gente de la provincia de Granada haya fundado el pueblo. Se menciona como Moclinetum, Mohinete, Modinete, Molinete y Molinillo en las crónicas de los siglos XV y XVI.
Las tropas cristianas del comandante de Antequera, general don Pedro Enríquez sufrieron aquí una sangrienta derrota en 1482 en la lucha contra los musulmanes. Los musulmanes huyeron a un castillo y vieron cómo su propiedad se incendiaba. Salieron de su escondite y arrojaron troncos y piedras a las tropas cristianas. Las tropas de Alfonso de Aguilar resultaron tan dañadas heridas que todavía existe un barranco llamado 'Hoya de los Muertos' (Trampa de la Muerte) en el distrito de Moclinejo. El resto de la historia es similar a la de otras áreas. Los cristianos triunfaron y los musulmanes furon expulsados. Comenzó el declive económico.
En el siglo pasado, el ("re") boom económico fue interrumpido por la aparición de la filoxera. El área se recuperó lentamente y la viticultura y la producción de pasas siguen siendo la principal fuente de ingresos de Moclinejo.
Castillo
El castillo comenzaba en la "Plaza de la Iglesia" y se extendia alrededor de un pequeño grupo de casas. Dentro de esta delimitación había 34 familias en Moclinejo en 1499 y 30 familias en 1942. La muralla que delimita la iglesia va corre de oeste a este. En la parte norte se ha conservado el topónimo (Calle Castillo ), que también marca parcialmente el curso de la zona, coincidiendo también con las curvas de nivel y con una calle que rodea el pueblo. Desde allí también se puede ver el cementerio actual, que es aproximadamente donde estaba el cementerio medieval, en la parte baja del pueblo sobre el río Benagalbón. Las murallas, a las que los habitantes de entonces llamaban "castillo", tenían una circunferencia de unos 380 metros y cubrían un área urbana de unos 9.025 metros cuadrados, lo que correspondía a unas 53 viviendas y unos 212 habitantes.